พนักงานมหาวิทยาลัยตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ว่าด้วยการบริหารงานบุคคลพนักงานมหาวิทยาลัย พ.ศ. 2559 คือ พนักงานมหาวิทยาลัย ทั้งที่จ้างด้วยเงินงบประมาณแผ่นดิน และเงินรายได้ของมหาวิทยาลัยหรือส่วนงาน สังกัดมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในการปฏิบัติงานอาจเกิดกรณีพิพาทเกี่ยวกับสัญญาจ้างของพนักงานมหาวิทยาลัยกับมหาวิทยาลัยได้ซึ่งปัญหามีอยู่ว่าข้อพิพาทดังกล่าวจะอยู่ในอำนาจของศาลได้ระหว่างศาลยุติธรรมกับศาลปกครอง

กรณีนี้ได้มีคำวินิจฉัยชี้ขาดอำนาจหน้าที่ระหว่างศาล ที่ 29/2559 โดยเป็นกรณีพิพาทระหว่างพนักงานมหาวิทยาลัยนอกระบบแห่งหนึ่ง กับมหาวิทยาลัยนอกระบบแห่งหนึ่ง เพราะทางมหาวิทยาลัยไม่ต่อสัญญาจ้างกับพนักงานมหาวิทยาลัยตามระเบียบของมหาวิทยาลัยทำให้พนักงานมหาวิทยาลัยคนดังกล่าวได้รับความเสียหาย โดยพนักงานมหาวิทยาลัยได้นำเรื่องฟ้องต่อศาลแรงงานแต่ทางมหาวิทยาลัยให้การว่ามีฐานะเป็นราชการส่วนกลางได้รับการยกเว้นไม่ให้นำพระราชบัญญัติคุ้มครองแรงงาน พ.ศ.2541 มาใช้ โดยให้เหตุผลว่าการจ้างเป็นพนักงานมหาวิทยาลัยนั้นเป็นการจ้างเพื่อสนับสนุนการจัดทำบริการสาธารณะ จึงเป็นสัญญาทางปกครองตาม มาตรา3 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 จึงอยู่ในอำนาจศาลปกครอง

                  ศาลปกครองกลางพิจารณาแล้วเห็นว่าเมื่อมหาวิทยาลัยนอกระบบเป็นสถานศึกษาของรัฐในสังกัดกระทรวงศึกษาธิการที่จัดการศึกษาระดับอุดมศึกษา มหาวิทยาลัยนอกระบบจึงเป็นหน่วยงานทางปกครอง ดังนั้นการจ้างเป็นพนักงานมหาวิทยาลัยจึงเป็นสัญญาที่มีคู่สัญญาฝ่ายหนึ่งเป็นหน่วยงานทางปกครอง และเป็นสัญญาที่มีวัตถุประสงค์เพื่อให้พนักงานมหาวิทยาลัยซึ่งเป็นคู่สัญญาอีกฝ่ายหนึ่งเข้ามามีส่วนร่วมในการจัดทำบริการสาธารณะด้านการศึกษาประกอบกับเมื่อพิจารณาพระราชบัญญัติคุ้มครองแรงงาน พ.ศ. ๒๕๔๑ แล้ว กฎหมายไม่ประสงค์ที่จะให้นำมาใช้บังคับกับลูกจ้างที่ทำงานในส่วนราชการ เนื่องจากมีระเบียบหรือข้อบังคับเกี่ยวกับการจ้างหรือการเลิกจ้างของส่วนราชการกำหนดไว้โดยเฉพาะแล้ว

                  ด้วยเหตุนี้ความสัมพันธ์ระหว่างมหาวิทยาลัยนอกระบบและพนักงานมหาวิทยาลัย จึงมิได้เป็นความสัมพันธ์เหมือนกับลูกจ้างกับนายจ้างที่จะอยู่ภายใต้บังคับของกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองแรงงาน ทั้งไม่มีลักษณะเป็นสัญญาจ้างแรงงานตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์

               ดังนั้นจึงมีลักษณะเป็นสัญญาทางการปกครอง ตามมาตรา ๓ แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 อยู่ในอำนาจพิจารณาพิพากษาของศาลปกครองความสัมพันธ์ดังกล่าวจึงเป็นความสัมพันธ์ตามกฎหมายมหาชนเพื่อให้บริการสาธารณะบรรลุผล ไม่ใช่ความสัมพันธ์ระหว่างนายจ้างกับลูกจ้างตามกฎหมายเอกชน สัญญาดังกล่าวจึงเป็นสัญญาทางปกครองตามมาตรา 3 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542

ดังนั้นข้อพิพาทในคดีนี้จึงเป็นคดีพิพาทเกี่ยวกับสัญญาทางปกครอง ตามมาตรา 9 วรรคหนึ่ง (4) แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 ซึ่งอยู่ในอำนาจพิจารณาพิพากษาของศาลปกครอง