ในการปฏิบัติงานของพนักงานมหาวิทยาลัยหรือลูกจ้างภายในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์อาจเกิดกรณีที่พนักงานฯหรือลูกจ้างรู้สึกว่าตนไม่ได้รับความเป็นธรรมหรือถูกกลั่นแกล้งในเวลาปฏิบัติงาน ซึ่งการแก้ปัญหาและขั้นตอนการแก้ปัญหาดังกล่าวถูกกำหนดไว้ที่ ข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ว่าด้วยการอุทธรณ์ และการร้องทุกข์ พ.ศ.2559

ซึ่งข้อบังคับดังกล่าวได้วางหลักเกี่ยวกับระบบการอุทธรณ์และการร้องทุกข์ของพนักงานมหาวิทยาลัยและลูกจ้าง โดยมีหลักเกณฑ์ดังนี้คือจะมีการตั้งคณะกรรมการอุทธรณ์ประจำมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เรียกโดยย่อว่า ก.อ.ม.ซึ่งมีอำนาจหน้าที่ดังนี้คือ

1.พิจารณาอุทธรณ์กรณีพนักงานมหาวิทยาลัยหรือลูกจ้างถูกลงโทษทางวินัย

2.พิจารณาเรื่องร้องทุกข์กรณีพนักงานมหาวิทยาลัยหรือลูกจ้างไม่ได้รับความเป็นธรรมหรือมีความคับข้องใจเนื่องจากการกระทำหรือคำสั่งของอธิการบดี รวมถึงคำสั่งพักราชการหรือให้ออกจากราชการไว้ก่อนและคำสั่งลงโทษทางจริยธรรมด้วย

หากพนักงานมหาวิทยาลัยหรือลูกจ้างต้องการอุทธรณ์การถูกสั่งลงโทษทางวินัยให้ปฏิบัติตามหลักเกณฑ์และวิธีการดังต่อไปนี้ คือให้ผู้ถูกสั่งลงโทษทางวินัยซึงเห็นว่าไม่เหมาะสม อุทธรณ์ต่อ ก.อ.ม. ภายใน 30 วัน นับแต่ได้รับแจ้งคำสั่งลงโทษ โดยต้องอุทธรณ์ด้วยตนเองเท่านั้น จะอุทธรณ์แทนผู้อื่นหรือมอบหมายให้ผู้อื่นอุทธรณ์แทนไม่ได้ โดยอุทธรณ์เป็นหนังสือแสดงข้อเท็จจริง ข้อโต้แย้ง และเหตุผลแสดงให้เห็นว่าถูกลงโทษโดยไม่ถูกต้อง ไม่เหมาะสมและลงลายมือชื่อและที่อยู่ของผู้อุทธรณ์

ในการพิจารณาอุทธรณ์ต้องกระทำให้แล้วเสร็จภายใน 90วันนับแต่วันที่ได้รับอุทธรณ์

การร้องทุกข์ ของพนักงานมหาวิทยาลัยและลูกจ้าง กรณีเห็นว่าตนไม่ได้รับความเป็นธรรมหรือมีความคับข้องใจเนื่องจากการกระทำหรือคำสั่งของผู้บังคับบัญชา ในกรณีที่เห็นว่าตนไม่ได้รับความเป็นธรรมเนื่องจากการกระทำหรือคำสั่งของผู้บังคับบัญชา เช่น ผู้บังคับบัญชาปฏิบัติต่อพนักงานมหาวิทยาลัยหรือลูกจ้าไม่ถูกต้องตามกฎหมาย  หรือการบริหารงานบุคคลไม่เป็นธรรมเพราะถิ่นกำเนิด เชื้อชาติ ภาษา เพศ อายุ สุขภาพ ศาสนา หรือไม่มอบหมายงานให้ปฏิบัติ หรือประวิงเวลสาให้เสียสิทธิบางอย่าง หรือถูกสั่งพักราชการไว้ก่อน หรือถูกผู้บังคับบัญชาตักเตือน สั่งให้ดำเนินการให้ถูกต้องภายในเวลาที่กำหนดหรือทำทัณฑ์บนในเรื่องประพฤติผิดจริยธรรม

การร้องทุกข์อาจเกิดจากการกระทำหรือคำสั่งของอธิการบดีหรือผู้บังคับบัญชาส่วนงานก็ได้

โดยการร้องทุกข์ต้องทำเป็นหนังสือยื่นต่อประธานก.อ.ม.ในกรณีร้องทุกข์ต่ออธิการบดีหรือทำเป็นหนังสือยื่นต่อประธานคณะกกรมการพิจารณาเรื่องร้องทุกข์กรณีร้องทุกข์ต่อผู้บังคับบัญชา โดยหนังสือดังกล่าวต้องแสดงข้อเท็จจริงและปัญหาของเรื่องว่าไม่ได้รับความเป็นธรรมอย่างไร ควาประสงค์ของการร้องทุกข์ ลงลายมือชื่อและตำแหน่งของผู้ร้องทุกข์

โดยก.อ.ม.พิจารณาเรื่องร้องทุกข์ให้แล้วเสร็จโดยเร็วไม่เกิน 90 วันนับแต่ได้รับหนังสือร้องทุกข์

ทั้งนี้เมื่อผู้อุทธรณ์หรือผู้ร้องทุกข์ได้ทราบผลการอุทธรณ์และร้องทุกข์แล้ว ไม่พอใจในผลการพิจารณามีสิทธิ์ฟ้องคดีต่อศาลปกครองต่อไป