หนังสือทุกเล่มที่เข้าห้องสมุดต้องมีการประทับตราสัญญาลักษณ์ห้องสมุด ตราห้องสมุดจะมีด้วยกันสามห้องสมุด คือ ตราสำนักหอสมุด ตราห้องสมุดศูนย์พัทยา ตราห้องสมุดบุญชู ตรีทอง (ลำปาง) ดังตัวอย่าง
ห้องสมุดที่ใช้ประทับตราหอสมุดด้วยหมึกสีน้ำเงิน มีดังนี้
- ห้องสมุดปรีดี พนนยงค์ (ก) ก หมายถึง ห้องสมุดกลาง
- ห้องสมุด ศ.ดิเรก ชัยนาม (ร) ร หมายถึง รัฐศาสตร์
- ห้องสมุดสัญญา ธรรมศักดิ์ (น) น หมายถึง นิติศาสตร์
- ห้องสมุดป๋วย อึ้งภากรณ์ (ศ) ศ หมายถึง เศรษฐศาสตร์
- ห้องสมุดสังเวียน อินทรวิชัย(พบ) พบ หมายถึง พาณิชยศาสตร์และการบัญชี
- ห้องสมุดนงเยาว์ ชัยเสรี (พ) พ หมายถึง กลุ่มแพทย์ธรรมศาสตร์
- ห้องสมุดคณะวารศาสตร์และสื่อสารมวลชน (ว) ว หมายถึง วารศาสตร์และสื่อสารมวลชน
- หอสมุดป๋วย อึ้งภากรณ์ (ปส) ปส หมายถึง หอสมุดป๋วย รังสิต